突如、出現した人類の敵「ネウロイ」に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。 ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った少女たちだけだった・・・のだが・・・ いつまでたっても人類の敵・ネウロイはやってこず・・・ 戦闘ではなくグータラな毎日を過ごす世界各国のウィッチたち。 今回は501部隊だけでなく、502部隊「ブレイブウィッチーズ」の日常も追うっ！ ネウロイと戦わない魔女（うぃっち）達のおかしな日常劇第2弾が始まる！

突如出現した人類の敵「ネウロイ」に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。 ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った、少女たちだけだった・・・。 遂に連合軍によるベルリン奪還作戦が始動し、 再び結成される第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」、 新たな501メンバーとして「服部静夏」も加わり ネウロイとの死闘を繰り広げてゆく！ 果たしてベルリンの空を開放する事は出来るのか！？

人類の防衛線『第501統合戦闘航空団』に宮藤芳佳が入隊！ ・・・しかし、肝心の敵・ネウロイはなかなかやってこず、 戦闘ではなく炊事洗濯の毎日に追われる日々。 個性的な隊員たちに振り回されたり、ツッコミを入れたり、 フォローしたりと、そんな芳佳と愉快な魔女（うぃっち）達の おかしな日常が始まる！

主人公は魔界の『謎』を全て喰いつくし、さらなる究極の『謎』を求めて人間界にやってきた魔人・脳噛ネウロ。自身の身代わりに女子高生・弥子を探偵に仕立て上げながら、魔界の道具を使って次々と難事件を解決することで『謎』を喰い尽くしていく。